class.exe

こんな感じにGUIの中にグラフが複数ある場合、plot(x, y) するには、

plot(handles.axes1, x, y)

という風に指定できる。handles.axes1はGUIDEに表示されていて、タグというのがaxes1に該当します。

ここを参考にしました。複数の座標軸をもつ GUI :: GUIDE GUI の例 (MATLAB®)